Imunologica
Se pare ca maladia Crohn ar putea fi de natura auto-imuna, probabil declansata de un agent infectios. Inflamatia este declansata de o secretie foarte crescuta de citokine de catre limfocitele Th17 si Th1. Una din genele implicate in boala Crohn, ATG16L1, induce autofagie si impiedica neutralizarea unor specii de bacterii invazive.
Genetica
Boala Crohn nu se transmite ereditar, dar exista numerosi factori genetici care predispun la maladie. Pana acum, au fost asociate aparitiei maladiei in jur de 30 de gene, printre care si NOD2 (care in mod normal codifica proteine care recunosc peptidoglicanul de pe peretii bacterieni; mutatii ale acesteia predispun la maladii auto-imune).
Bacteriana
Unele studii au sugerat implicarea Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis. De asemenea, microbiota intestinala prezinta o modificare a raportului Firmicutes/Bacteroidetes in defavoarea primeia: de la 10:1 la un subiect normal, la 1:1 pana la 3:1 la un subiect afectat.
Legata de mediu
Boala Crohn este asociata unui consum crescut de proteine animale si acizi polinesaturati omega-3 si omega-6, precum si unui consum redus de proteine de natura vegetala. De asemenea, fumatul, medicatia contraceptiva si stresul cresc riscul aparitiei maladiei.
